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Au printemps 2021, Brett Finlay, microbiologiste à l’Université de la Colombie-Britannique, a offert au monde une prédiction audacieuse et inquiétante. « Je suppose que dans cinq ans, nous allons voir un bolus d’enfants souffrant d’asthme et d’obésité », a-t-il déclaré. Filaire. Ces enfants, a-t-il dit, seraient « les enfants COVID » : ceux nés juste avant ou au plus fort de la crise, quand le coronavirus était partout, et nous avons tout nettoyé parce que nous ne le voulions pas.
La prévision de Finlay n’est pas sans fondement. Comme l’a écrit James Hamblin dans L’Atlantique l’année dernière, notre santé repose sur un discours constant avec des billions de microbes qui vivent sur ou à l’intérieur de notre corps. Les membres du soi-disant microbiome sont cruciaux pour digérer notre nourriture, former le système immunitaire, voire graisser les rouages de la fonction cognitive ; il ne semble pas y avoir de système corporel que ces minuscules locataires n’affectent d’une manière ou d’une autre. Ces dialogues microbe-humain commencent dès la petite enfance, et les trois premières années de la vie environ sont absolument cruciales : les bactéries doivent coloniser les bébés, puis les deux parties doivent se synchroniser physiologiquement. Des perturbations majeures pendant cette période « peuvent dérégler le système », explique Katherine Amato, anthropologue biologique à la Northwestern University, et augmentent le risque pour un enfant de développer des allergies, de l’asthme, de l’obésité et d’autres maladies chroniques plus tard dans la vie.
Plus les interruptions sont précoces, intenses et prolongées, pires. Les nourrissons qui reçoivent des traitements intensifs d’antibiotiques, qui peuvent neutraliser la diversité microbienne, sont plus à risque de développer de tels problèmes ; la même chose est à peu près vraie pour les bébés nés par césarienne, qui nourrissent au lait maternisé ou qui grandissent dans des environnements pauvres en nature. Si les atténuations de l’ère pandémique recréaient ne serait-ce qu’un écho de ces effets, cela pourrait causer des problèmes à de nombreux petits enfants qui pourraient avoir perdu des microbes bénéfiques dans l’effort continu pour éloigner les méchants.
Plus d’un an et demi après la prédiction initiale de Finlay, les enfants sont de retour à la garderie et à l’école. Les gens ne gardent plus leurs distances ou évitent les grandes foules. Même le théâtre de l’hygiène est (pour la plupart) en déclin. Et si la vague de maladies virales respiratoires qui frappent actuellement une grande partie de l’hémisphère nord est une indication, les microbes tourbillonnent à nouveau entre les petites mains et la bouche. Mais pour les enfants circa-COVID, le spectre de 2026 et la «bosse» de maladie chronique prévue par Finlay se profilent toujours – et il faudra encore un bon moment avant que les chercheurs ne sachent à quel point la différence ces mois de vide microbien relatif vraiment fait.
Pour l’instant, « nous sommes dans le domaine de la spéculation », explique Maria Gloria Dominguez Bello, microbiologiste chez Rutgers. Les scientifiques ne comprennent pas comment, ni même quels comportements peuvent affecter la composition de notre flore intérieure tout au long de notre vie. Les maladies chroniques telles que l’obésité et l’asthme mettent également du temps à se manifester. Il n’y a pas encore de preuve qu’ils soient à la hausse chez les enfants, et même s’ils l’étaient, les chercheurs ne s’attendraient pas à voir le signal avant au moins deux ans, peut-être plus.
Finlay, pour sa part, s’en tient à sa prédiction initiale selon laquelle la pandémie apportera un microbiome net négatif. « Nous avons subi un changement sociétal massif », m’a-t-il dit. « Je suis sûr que nous verrons un effet. » Et il n’est pas le seul à le penser. « Je pense qu’il est presque inévitable qu’il y ait eu un impact », déclare Graham Rook, microbiologiste médical à l’University College London. Si le milieu de cette décennie se passe sans incident, Rook m’a dit : « Je serais très surpris. » D’autres chercheurs, cependant, n’en sont pas si sûrs. « Je ne pense pas que nous ayons condamné une génération d’enfants », déclare Melissa Manus, anthropologue et chercheuse en microbiome à l’Université du Manitoba. Quelques scientifiques se demandent même si les effets d’entraînement de la pandémie peuvent avoir soutenu les microbiomes des enfants COVID. Martin Blaser, microbiologiste à l’Université Rutgers, m’a dit que, « avec un peu de chance », les taux d’asthme et d’obésité pourraient même tremper Dans les prochaines années.
En ce qui concerne les retombées potentielles de la pandémie, les chercheurs s’accordent sur une seule chose : les bébés COVID ont sans aucun doute eu une enfance inhabituelle ; en moyenne, leurs microbiomes sont forcément très différents. Différentcependant, n’est pas nécessairement mal. « Ce n’est pas comme s’il y avait un microbiome doré », explique Efrem Lim, microbiologiste à l’Arizona State University. Prenez les fils de Liz Johnson, nés en mars 2018, août 2020 et mars 2022. Tous trois sont nés par voie vaginale, dans le même hôpital, avec l’aide de la même sage-femme ; tous ensuite allaités; et aucun d’entre eux n’a subi de traitement antibiotique précoce. Et pourtant, « ils ont tous commencé avec des microbiomes différents », m’a-t-elle dit. (En tant que chercheur en microbiome à Cornell axé sur la nutrition infantile, Johnson peut vérifier.)
C’est probablement tout à fait bien. Au sein de la population humaine, les microbiomes sont connus pour varier énormément : les gens peuvent transporter des centaines d’espèces bactériennes sur et à l’intérieur de leur corps, avec potentiellement zéro superposition d’un individu à l’autre. Les communautés bactériennes ne sont pas différentes des recettes – si vous n’avez pas un ingrédient sous la main, un autre peut généralement le remplacer.
Le deuxième fils de Johnson, Lucas, a eu une expérience de naissance très différente de celle de son frère aîné, voire, à bien des égards, de celle de son jeune frère. Lucas est né dans une salle d’accouchement pleine de visages masqués. Dans les jours qui ont suivi son arrivée, aucun membre de sa famille n’est venu lui rendre visite à l’hôpital. Et bien que ses frères aient passé plusieurs de leurs premiers mois à faire le tour du monde avec leur mère pour des voyages de travail, Lucas est resté sur place. « Presque personne ne savait même qu’il était né », m’a dit Johnson. Mais tout au long de ses deux premières années, Lucas a continué à allaiter et a eu beaucoup de contacts avec sa famille à la maison, ainsi qu’avec d’autres enfants à la garderie. il s’est baladé dans des espaces verts à gogo. Pourtant, Johnson et d’autres ne peuvent pas dire, précisément, si tout cela l’emporte sur l’hygiène et le manque de monde des premiers jours de Lucas. Il y aurait eu un coût à la fois à l’excès et à la sous-prudence, « nous avons donc juste essayé de tout équilibrer », a déclaré Johnson. En fin de compte, les scientifiques ne savent tout simplement pas à quel point l’exposition microbienne constitue suffisant.
Parmi les bébés COVID, le kilométrage du microbiome variera probablement, en fonction des décisions prises par leurs parents au plus fort de la pandémie – qui elles-mêmes dépendent des types de ressources financières et sociales dont ils disposaient. Amato s’inquiète le plus des familles qui peuvent avoir combiné un tas de comportements de désinfection avec des éliminateurs plus établis de la diversité du microbiome : césariennes, alimentation au lait maternisé et utilisation d’antibiotiques. Meghan Azad, chercheuse en santé infantile à l’Université du Manitoba, m’a dit que certains nouveaux parents auraient peut-être trouvé beaucoup plus difficile d’allaiter pendant le pire de la pandémie – une époque où les ressources de conseil en personne étaient plus difficiles d’accès et l’emploi était en flux. Les régimes alimentaires chroniquement pauvres et le stress, que de nombreuses personnes ont connus ces dernières années, peuvent également nuire à la santé du microbiome.
Une partie du problème est que bon nombre de ces facteurs de risque, m’a dit Rook, fusionneront de manière disproportionnée chez les personnes de statut socio-économique inférieur, qui ont déjà tendance à avoir des microbiomes moins diversifiés. « Je crains que cela n’augmente encore la disparité en matière de santé entre les riches et les pauvres », a-t-il déclaré. Même les infections par le SRAS-CoV-2 elles-mêmes, qui ont continué à se concentrer parmi les travailleurs essentiels et dans les logements surpeuplés, semblent altérer le microbiome – un changement qui peut être temporaire chez les adultes, mais potentiellement moins chez les nourrissons, dont les microbiomes n’ont pas encore mûri dans un état stable.
De nombreuses familles existent dans une zone grise. Peut-être ont-ils souvent blanchi leur foyer, mais ont trouvé plus facile d’allaiter et de cuisiner des repas sains tout en travaillant à domicile. Peut-être que leurs enfants ne se mêlaient pas à des tonnes d’autres tout-petits à la garderie, mais ils passaient beaucoup plus de temps à se rouler dans le jardin, recouverts de la bave de leur chiot pandémique. Si tous ces facteurs alimentent une équation qui résume à en bonne santé ou ne pas, les scientifiques ne savent pas encore faire le calcul. Ils sont encore en train de déterminer comment peser correctement chaque composant et comment identifier les autres qu’ils ont manqués.
Même en l’absence d’activités extérieures supplémentaires ou de bave de chien, Lim n’est pas très préoccupé par les atténuations comportementales que les gens ont prises. Nous sommes tous « exposés à des milliers de microbes tout le temps », m’a dit Lim, qui a une fille d’un an et demi. Un peu plus de lavage des mains, de masquage et de temps à la maison n’est rien comparé à, disons, un blitzkrieg antibiotique. Même les enfants qui restaient plutôt cloîtrés « ne vivaient pas dans une bulle ». Certains des sacrifices sociaux consentis par les enfants peuvent même avoir d’étranges doublures argentées. Les enfants qui ne fréquentent plus la garderie ou l’école maternelle pourraient avoir contourné toute une série d’autres infections virales qui, autrement, leur auraient valu des prescriptions d’antibiotiques inappropriés et endommageant le microbiome. L’utilisation d’antibiotiques en ambulatoire a considérablement diminué en 2020 par rapport à l’année précédente. Compte tenu du coût relativement mineur des atténuations de la pandémie, m’a dit Blaser, le plus d’éviter les antibiotiques pourrait bien l’emporter. Lorsque l’utilisation d’antibiotiques diminue, par exemple, les taux d’asthme diminuent également.
Finlay et d’autres surveillent toujours les signaux qui pourraient commencer à apparaître dans les prochaines années. Les enfants dont les familles sont peut-être les plus à risque sont peut-être les plus exposés au «mode hyper-hygiène» au cours des deux premiers mois de leur vie, lorsque les microbes sont cruciaux pour calibrer correctement les alarmes anti-pathogènes du système immunitaire. Passer à côté de ces opportunités, et les cellules défensives de notre corps pourraient finir par confondre les ennemis avec des alliés, ou vice versa, déclenchant des infections particulièrement graves ou des maladies auto-immunes. Une fois connectés à un enfant en développement, a déclaré Finlay, de tels changements pourraient être difficiles à inverser, en particulier pour les plus jeunes de la cohorte COVID. Mais d’autres experts espèrent que certaines pertes microbiennes pourront encore être récupérées grâce à une combinaison de régime alimentaire, de jeux en plein air et de socialisation (avec des personnes qui ne sont pas malades) – des interventions réparatrices qui, idéalement, se produisent le plus tôt possible. « Plus tôt nous le réparons, mieux c’est », a déclaré Blaser.
Personne ne peut choisir précisément à quels microbes s’exposer : les tactiques qui arrêtent la transmission d’agents pathogènes connus ont également un moyen d’arrêter la transmission d’insectes bénins. Mais le contexte compte. Il est possible que des comportements invitant les microbes, tels que le jeu en plein air, coexistent avec des tactiques d’évitement des microbes, telles que la ventilation des espaces intérieurs en cas d’épidémie respiratoire massive. Le fait que nous puissions influencer la colonisation microbienne du tout est puissant. Pendant la pandémie, les mesures d’atténuation qui ont tenu le COVID à distance ont également fait chuter les taux de grippe et de VRS. Maintenant que ces virus sont de retour, les experts soulignent que nous savons déjà comment ils peuvent à nouveau être arrêtés. Et les choix que les gens ont faits et continuent de faire pour protéger leur famille contre les agents pathogènes ne doivent pas être considérés comme une erreur nuisible, déclare Ariangela Kozik, microbiologiste à l’Université du Michigan.
Les enfants pandémiques peuvent également embarquer avec ce concept. Le fils de Kozik, maintenant âgé de 7 ans, était un tout-petit lorsque la pandémie a commencé ; même au milieu de l’engouement pour l’hygiène de la société, il a appris les joies de se balader dans la terre et de jouer avec les deux chiens de la famille. « Nous parlons du fait que tous les germes ne sont pas identiques », m’a dit Kozik. Son fils a également pris et maintenu une habitude anti-infectieuse qui rend sa mère fière : chaque jour, lorsqu’il rentre de l’école, il se précipite vers l’évier pour se laver les mains. « C’est la première chose qu’il fait », m’a dit Kozik, « même sans qu’on le lui demande. »
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