Les données COVID qui sont réellement utiles maintenant

C’est une vérité universellement reconnue parmi les experts de la santé que les données officielles sur le COVID-19 sont un gâchis en ce moment. Depuis la poussée d’Omicron l’hiver dernier, le nombre de cas des agences de santé publique est devenu moins fiable. Les tests PCR sont devenus plus difficiles d’accès et les tests à domicile ne sont généralement pas comptés.

Les nombres officiels de cas représentent désormais « la pointe de l’iceberg » des infections réelles, m’a dit Denis Nash, épidémiologiste à la City University de New York. Bien que les taux de cas puissent sembler faible maintenant, les véritables infections peuvent être jusqu’à 20 fois plus élevées. Et même ces numéros de cas ne sont plus disponibles quotidiennement dans de nombreux endroits, car le CDC et la plupart des agences d’État sont passés à la mise à jour de leurs données une fois par semaine au lieu de tous les jours.

Comment, alors, quelqu’un est-il censé suivre le risque de COVID-19 dans sa région, en particulier lorsque les cas devraient augmenter cet automne et cet hiver ? À l’aide de nouvelles sources de données, telles que la surveillance des eaux usées et les enquêtes sur la population, les experts ont déjà remarqué des signaux potentiels d’une vague d’automne : le nombre officiel de cas a tendance à baisser aux États-Unis, mais les villes du nord-est telles que Boston voient plus de coronavirus dans leurs eaux usées, et le Le CDC rapporte que cette région est un point chaud pour les versions encore mutées de la variante Omicron. Même si vous n’êtes pas un expert, vous pouvez toujours avoir une image plus claire de la façon dont le COVID-19 frappe votre communauté dans les semaines à venir. Vous devrez simplement comprendre comment interpréter ces sources de données alternatives.

Le problème avec les données de cas va droit à la source. L’investissement dans le suivi du COVID-19 aux niveaux national et local est en chute libre, déclare Sam Scarpino, un expert en surveillance à l’Initiative de prévention de la pandémie de la Fondation Rockefeller. « Plus récemment, nous avons commencé à voir de nombreux États mettre fin à leurs rapports », m’a dit Scarpino. Depuis que la Pandemic Prevention Initiative et le Pandemic Tracking Collective ont commencé à publier un tableau de bord État par État de la notification des cas décisifs en décembre 2021, le nombre d’États avec une note d’échec a doublé. Scarpino considère cette tendance comme un « signe avant-coureur de ce qui s’en vient » alors que les ministères continuent de détourner des ressources des rapports COVID-19.

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Les données sur les hospitalisations ne souffrent pas des mêmes problèmes de déclaration, car le gouvernement fédéral recueille des informations directement auprès de milliers d’établissements à travers le pays. Mais «les hospitalisations sont souvent en retard de quelques semaines sur les cas», explique Caroline Hugh, épidémiologiste et bénévole au People’s CDC, une organisation fournissant des données et des conseils sur le COVID-19 tout en plaidant pour l’amélioration des mesures de sécurité. Les hospitalisations ne reflètent pas nécessairement les taux de transmission, qui comptent toujours si vous voulez rester en sécurité. Certaines études suggèrent, par exemple, que le long COVID pourrait désormais être plus probable que l’hospitalisation après une infection.

Pour avoir une meilleure idée de l’ampleur de la circulation du coronavirus, de nombreux experts se tournent vers la surveillance des eaux usées. Des échantillons de nos eaux usées peuvent fournir un avertissement avancé d’une propagation accrue du COVID-19, car tout le monde dans un système d’égout public fournit des données ; les biais qui entravent les résultats des tests PCR ne s’appliquent pas. En conséquence, Hugh et ses collègues du People’s CDC considèrent que les tendances des eaux usées sont plus «cohérentes» que le nombre de cas en constante fluctuation.

Quand Omicron a commencé à faire des ravages en décembre 2021, « les données sur les eaux usées ont commencé à augmenter très fortement, près de deux semaines avant que nous ne voyions la même augmentation » du nombre de cas, Newsha Ghaeli, présidente et cofondatrice de la surveillance des eaux usées société Biobot Analytics, m’a dit. Biobot travaille maintenant avec des centaines de sites d’échantillonnage des eaux usées dans les 50 États, a déclaré Ghaeli. Le tableau de bord national et régional de l’entreprise intègre des données de chaque emplacement de son réseau, mais pour des données plus locales, vous devrez peut-être accéder à un tableau de bord distinct géré par le CDC ou par votre service de santé de l’État. Certains États ont une surveillance des eaux usées dans chaque comté, tandis que d’autres n’ont qu’une poignée de sites. Si votre emplacement n’est pas représenté, a déclaré Ghaeli, « les données sur les eaux usées des communautés voisines sont toujours très applicables ». Et même si votre comté dispose d’un suivi, vérifier les communautés voisines peut être une bonne pratique. « Une surtension dans un État voisin… pourrait très rapidement se transformer en une surtension locale », a expliqué Ghaeli.

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Ghaeli recommande de surveiller l’évolution des niveaux de coronavirus dans les eaux usées au fil du temps, plutôt que de se concentrer sur des points de données individuels. Examinez à la fois la « directionnalité » et la « magnitude » : les niveaux viraux augmentent-ils ou diminuent-ils, et comment ces niveaux se comparent-ils aux points antérieurs de la pandémie ? Une hausse de 10 % lorsque les niveaux sont bas est moins préoccupante qu’une hausse de 10 % lorsque le virus se propage déjà largement.

Les chercheurs s’efforcent toujours de comprendre comment les données sur les eaux usées sont en corrélation avec les infections réelles, car chaque communauté a des modèles de déchets uniques. Par exemple, les grandes villes diffèrent des zones rurales et, à certains endroits, des facteurs environnementaux tels que les précipitations ou l’agriculture à proximité peuvent interférer avec le suivi des coronavirus. Pourtant, les données sur les tendances à long terme sont généralement considérées comme un bon outil qui peut aider à sonner l’alarme lors de nouvelles poussées.

Les données sur les eaux usées peuvent vous aider à déterminer la quantité de COVID-19 qui se propage dans une communauté et peuvent même suivre toutes les variantes circulant localement, mais elles ne peuvent pas vous dire qui tombe malade. Pour répondre à cette dernière question, les épidémiologistes se tournent vers ce que Nash appelle la « surveillance active » : plutôt que de se fier aux résultats des tests COVID-19 qui sont signalés à une agence de santé publique, recherchez activement et demandez aux gens s’ils sont récemment tombés malades. ou testé positif.

Nash et son équipe de CUNY ont mené des enquêtes auprès de la population à New York et au niveau national. L’enquête la plus récente de l’équipe (qui n’a pas encore été évaluée par des pairs), menée de fin juin à début juillet, comprenait des questions sur les résultats des tests à domicile et les symptômes de type COVID. À partir d’une enquête nationale représentative d’environ 3 000 personnes, Nash et son équipe ont découvert que plus de 17 % des adultes américains avaient le COVID-19 au cours de la période de deux semaines, soit environ 24 fois plus que le nombre de cas du CDC à ce moment-là.

Des études comme celles-ci «capturent des personnes qui pourraient ne pas être comptées par le système de santé», m’a dit Nash. Son équipe a constaté que les Américains noirs et hispaniques et ceux à faible revenu étaient plus susceptibles de tomber malades pendant la période d’enquête, par rapport à l’estimation nationale. Le CDC et le Census Bureau adoptent une approche similaire par le biais de l’enquête en cours auprès des ménages.

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Ces enquêtes sont « une mine d’or de données », bien qu’elles doivent être « conçues avec soin », m’a dit Maria Pyra, épidémiologiste et bénévole au People’s CDC. En montrant l’écart entre les véritables infections et les cas officiellement signalés, des enquêtes comme celle de Nash peuvent permettre aux chercheurs d’estimer à quel point le COVID-19 se propage réellement.

Cependant, les résultats de l’enquête peuvent être retardés de plusieurs semaines ou mois et sont généralement publiés dans des prépublications ou des reportages plutôt que sur le tableau de bord d’une agence de santé. Ils peuvent également être biaisés par qui choisit de répondre ou par la façon dont les questions sont formulées. Scarpino a suggéré une option plus opportune : les données collectées à partir des emplacements des téléphones portables ou des médias sociaux. Le groupe Delphi de l’Université Carnegie Mellon, par exemple, fournit des données sur le nombre de personnes qui recherchent sur Google des symptômes de rhume ou qui recherchent des visites chez le médecin liées au COVID. Bien que ces tendances ne soient pas un indicateur parfait des taux de cas, elles peuvent être un avertissement utile que les schémas de transmission changent.

Les lecteurs cherchant à surveiller le COVID-19 cet automne devraient « avoir l’air aussi local que possible », a recommandé Scarpino. Cela signifie examiner les données au niveau du comté ou du code postal, en fonction de ce qui est disponible pour vous. Nash a suggéré de vérifier plusieurs sources de données et d’essayer de « trianguler » entre elles. Par exemple, si les données sur les cas suggèrent que la transmission est en baisse, les données sur les eaux usées disent-elles la même chose ? Et comment les données correspondent-elles au comportement local ? Si un événement communautaire populaire ou un jour férié s’est produit récemment, un faible nombre de cas devra peut-être être pris avec un grain de sel.

« Nous nous dirigeons vers une période où il sera de plus en plus difficile de savoir ce qui se passe avec le virus », m’a dit Nash. Le nombre de cas continuera d’être sous-estimé et les tableaux de bord pourraient être mis à jour moins fréquemment. Les experts sur Twitter se tournent aux critiques de Yankee Candle pour les signes de surtensions. Des sources utiles existent toujours, mais rassembler des données disparates peut être épuisant – après tout, la communication et l’interprétation des données devraient être le travail de nos agences de santé publique, et non des personnes concernées.

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Plutôt que d’accepter ce statu quo de données fragmentées, les experts aimeraient voir des systèmes de santé publique améliorés pour le COVID-19 et d’autres maladies, telles que la variole du singe et la poliomyélite. « Si nous nous améliorons dans la collecte et la mise à disposition de données locales pertinentes sur les maladies infectieuses pour la prise de décision, nous allons mener une vie plus saine et plus heureuse », a déclaré Scarpino.