Après des mois et des mois de soupe de sous-variante SARS-CoV-2, un ingrédient est apparu aux États-Unis avec une saveur assez piquante pour submerger le reste : XBB.1.5, une ramification d’Omicron qui représente maintenant environ 75 % des cas dans le Nord-est. Un escroc astucieux d’anticorps capable de s’agripper très étroitement à la surface de nos cellules, XBB.1.5 est désormais officiellement le sous-variante de coronavirus qui se propage le plus rapidement. Au cours de la seule dernière semaine de décembre, il est passé de 20 % des infections estimées à l’échelle nationale à 40 % ; bientôt, on s’attend à ce que ce soit tout ce qui reste, ou du moins très proche. « C’est la grande chose que tout le monde recherche – la rapidité avec laquelle il prend le relais des variantes existantes », explique Shaun Truelove, modélisateur de maladies infectieuses à l’Université Johns Hopkins. « Et c’est un vraiment montée rapide. »
Tout cela soulève des inquiétudes familières : plus de maladies, plus de COVID longs, plus d’hospitalisations, plus de pression sur le système de santé. Avec la joie des fêtes et les températures froides qui envahissent les gens à l’intérieur, et l’absorption des vaccins bivalents à un niveau abyssal, une vague hivernale se préparait déjà aux États-Unis. La domination imminente d’une variante particulièrement rapide et immuno-évasive, m’a dit Truelove, pourrait augmenter c’est bien.
Mais le public américain a entendu cet avertissement de très nombreuses fois auparavant – et dans l’ensemble, la situation n’a pas changé. Le monde a parcouru un long chemin depuis le début de 2020, lorsqu’il manquait de vaccins et de médicaments pour lutter contre le coronavirus ; maintenant, avec l’immunité contre les coups de feu et les infections passées répandues sur la planète – aussi poreuse et inégale que soit cette couche – la population n’est plus aussi vulnérable aux pires effets de COVID. XBB.1.5 n’est pas non plus une menace de calibre apocalyptique. Jusqu’à présent, aucune preuve ne suggère que la sous-variante est intrinsèquement plus sévère que ses prédécesseurs. Lorsque son frère proche, XBB, a submergé Singapour il y a quelques mois, augmentant le nombre de cas, les hospitalisations n’ont pas subi de pic disproportionnellement massif (bien que XBB.1.5 soit plus transmissible et que les États-Unis soient moins bien vaccinés). Comparé à la montée subite originale d’Omicron qui a frappé la nation cette fois l’année dernière, « je pense qu’il y a moins à s’inquiéter, » particulièrement pour les gens qui sont à jour sur leurs vaccins, dit Mehul Suthar, un immunologiste viral à l’université d’Emory qui a été étudier comment le système immunitaire réagit à de nouvelles variantes. « Mes expositions précédentes vont probablement aider contre toute infection XBB que j’ai. »
L’évolution du SRAS-CoV-2 mérite toujours d’être suivie de près grâce à la surveillance génomique, qui ne fait que se compliquer à mesure que les efforts de test continuent d’être réduits. Mais « les variantes signifient quelque chose d’un peu différent maintenant pour la majeure partie du monde qu’au début de la pandémie », explique Emma Hodcroft, épidémiologiste moléculaire à l’Université de Berne, en Suisse, qui a suivi les proportions de SARS-Cov-2 variantes à travers le monde. Les versions du virus qui peuvent échapper à un sous-ensemble de nos défenses immunitaires vont, après tout, continuer à arriver, aussi longtemps que le SRAS-CoV-2 sera parmi nous, probablement pour toujours, comme l’a écrit ma collègue Sarah Zhang. C’est la classique course aux armements hôte-pathogène : les virus nous infectent ; nos corps, dans l’espoir d’éviter une réinfection tout aussi grave, construisent des défenses, incitant l’envahisseur à modifier ses caractéristiques afin qu’il puisse nous infiltrer à nouveau.
Mais le virus n’évolue pas vers le point où il est imparable ; il ne fait que changer sa position d’escrime pour éviter nos dernières parades car nous faisons de même pour lui. Une version du virus qui réussit à un endroit peut s’effondrer à un autre, selon le contexte : les antécédents locaux de vaccination et d’infection, par exemple, ou le nombre de personnes âgées et immunodéprimées, et la mesure dans laquelle tout le monde évite d’échanger l’air public. Avec le paysage immunitaire mondial désormais si inégal, « il devient de plus en plus difficile pour le virus de faire cette vague synchronisée qu’Omicron a faite à cette époque l’année dernière », déclare Verity Hill, virologue évolutionniste à Yale. Il continuera d’essayer de contourner nos défenses, déclare Pavitra Roychoudhury, qui surveille les variantes du SRAS-CoV-2 à l’Université de Washington, mais « je ne pense pas que nous ayons besoin d’émojis d’alarme pour chaque variante qui sort. ”
Certaines variantes et sous-variantes particulièrement inquiétantes vont continuer à apparaître, avec des signes révélateurs, m’a dit Roychoudhury : une forte augmentation de la surveillance des eaux usées, suivie d’une montée catastrophique des hospitalisations ; une prise de contrôle ultra-rapide qui élimine les autres souches de coronavirus de la scène en quelques jours ou semaines. De tels présages suggèrent une variante qui est probablement si efficace pour contourner les défenses immunitaires existantes qu’elle rendra facilement malade à peu près tout le monde et causera suffisamment de maladies dans l’ensemble pour qu’un grand nombre de cas deviennent graves. Une variante future qui est intrinsèquement plus virulente est également possible, ajoutant un risque à chaque nouveau cas. Dans les versions extrêmes de ces scénarios, les tests, les traitements et les masques pourraient devoir revenir à une utilisation massive ; les chercheurs pourraient avoir besoin de concocter une nouvelle recette de vaccin à un rythme accéléré. Mais c’est un seuil que la plupart des variations du SRAS-CoV-2 ne franchiront pas, y compris, semble-t-il jusqu’à présent, XBB.1.5. À l’heure actuelle, m’a dit Hodcroft, « il est difficile d’imaginer que tout ce que nous avons vu au cours des derniers mois provoquerait vraiment une précipitation pour faire une mise à jour du vaccin », ou toute autre chose aussi extrême. « Nous ne fabriquons pas un nouveau vaccin contre la grippe chaque fois que nous voyons une nouvelle variante, et nous les voyons tout au long de l’année. » Notre récolte actuelle de plans axés sur BA.5 n’est pas un bon match pour XBB.1.5, comme Suthar et ses collègues l’ont découvert, du moins sur le front des anticorps. Mais les anticorps ne sont pas les seules défenses en jeu – et Suthar m’a dit qu’il était toujours préférable d’avoir le nouveau vaccin que pas.
Aux États-Unis, le nombre d’eaux usées et les hospitalisations sont cochant vers le haut, et XBB.1.5 est bousculant rapidement ses pairs. Mais l’augmentation estimée de l’infection ne semble pas aussi forte que l’ascension de la variante originale d’Omicron, BA.1 (bien que notre suivi soit maintenant plus médiocre). XBB.1.5 ne domine pas non plus de manière égale dans différentes parties du pays – et Truelove souligne qu’il ne semble pas encore étroitement lié aux hospitalisations dans les endroits où il a gagné du terrain jusqu’à présent. Aussi tentant qu’il puisse être de blâmer toute augmentation des cas et des hospitalisations sur la dernière sous-variante, nos propres comportements sont au moins aussi importants. Les baisses de l’absorption des vaccins ou les grands sauts dans le mélange sans atténuation peuvent à eux seuls entraîner des pics de maladie. « Nous nous attendions déjà à une vague, à cette période de l’année », m’a dit Hill. Les voyages sont en hausse, le masquage est en baisse. Et seulement 15 % des Américains de plus de 5 ans ont reçu une injection bivalente.
Le rythme auquel les nouvelles variantes et sous-variantes du SRAS-CoV-2 prendront le relais pourrait éventuellement ralentir, mais les experts avec qui j’ai parlé n’étaient pas sûrs que cela se produirait. L’immunité à travers le monde reste inégale; seul un sous-ensemble de pays a accès à des vaccins bivalents mis à jour, tandis que certains pays ont encore du mal à faire parvenir les premières doses à des millions d’armes. Et avec presque toutes les mesures d’atténuation du COVID « presque disparues » à l’échelle mondiale, m’a dit Hodcroft, il est devenu extrêmement facile pour le coronavirus de continuer à expérimenter de nouvelles façons de bloquer nos défenses immunitaires. XBB.1.5 est à la fois le produit et le catalyseur d’une propagation sans entraves – et si cela continue, le virus en profitera à nouveau.