Aurons-nous à nouveau Omicron’d ?

En termes de COVID, le milieu de l’automne dernier ressemblait beaucoup à celui-ci. Après un été difficile, les infections au SARS-CoV-2 ont diminué ; les hospitalisations et les décès étaient dans un creux relatif. Les enfants et les travailleurs étaient de retour dans les écoles et les bureaux, et une autre série de vaccins COVID se déroulait. Les choses n’allaient pas très bien… mais elles n’étaient pas les plus terribles qu’elles aient jamais été. Il y avait des vaccins; il y avait des tests; il y avait de la drogue. Le pire développement hivernal que le virus pourrait produire, pensaient certains experts, pourrait impliquer le frai d’une vilaine ramification du Delta.

Puis, il y a un an cette semaine, Omicron est apparu. La première infection documentée par la variante a été identifiée à partir d’un spécimen prélevé en Afrique du Sud le 9 novembre 2021 ; au 1er décembre, les responsables de la santé publique avaient détecté des cas dans des pays du monde entier, y compris aux États-Unis. Vingt jours plus tard, Omicron avait renversé Delta en tant que morph SARS-CoV-2 dominant en Amérique. La nouvelle variante fortement mutée pourrait infecter à peu près n’importe qui rencontrée, même si elle avait déjà attrapé une version précédente du virus ou reçu plusieurs injections d’un vaccin. Début décembre, et près de deux ans après le début de la pandémie, les chercheurs estimaient qu’environ un tiers des Américains avaient contracté le SRAS-CoV-2. À la mi-février de cette année, cette proportion avait presque doublé.

L’arrivée et la propagation rapide d’Omicron dans le monde ont été et restent le plus grand point d’inflexion de cette crise à ce jour. La variante a bouleversé les attentes des scientifiques concernant l’évolution du SRAS-CoV-2 ; cela a transformé le fait d’avoir COVID en une norme horrible. Maintenant, alors que les États-Unis approchent de leur Omicronniversary, les conditions peuvent sembler mûres pour un rappel. Certains experts craignent que l’émergence d’une autre variante de lettres grecques soit en retard. « Je ne comprends pas pourquoi nous n’avons pas encore vu Pi », déclare Salim Abdool Karim, épidémiologiste au Center for the AIDS Program of Research en Afrique du Sud. « Je pense qu’il y a une chance que nous le fassions encore. »

Une répétition de l’hiver dernier semble assez improbable, m’ont dit des experts. Mais avec un virus aussi imprévisible, rien ne garantit que nous ne verrons plus la catastrophe se dérouler.

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Beaucoup de choses ont changé depuis l’année dernière. D’une part, l’immunité de la population au SRAS-CoV-2 est plus élevée. Beaucoup plus de personnes ont reçu des doses supplémentaires de vaccin, dont beaucoup assez récemment, avec une formule mise à jour mieux adaptée aux variantes du jour. De plus, à ce stade, presque tous les Américains ont été infectés au moins une fois – et la plupart d’entre eux avec au moins une sous-variante d’Omicron, explique Shaun Truelove, épidémiologiste et modélisateur à l’Université Johns Hopkins. Ces multiples couches de protection rendent plus difficile pour le spin-off moyen du SRAS-CoV-2 de rendre les personnes gravement malades. Ils lèvent également des obstacles à la transmission du coronavirus, quelle que soit sa forme.

Omicron semble avoir inauguré «une phase différente de la pandémie», déclare Verity Hill, virologue évolutionniste à Yale. Les variantes qui ont envahi différentes parties du monde en 2021 se sont élevées dans une succession rapide de monarchies : Alpha, Beta, Gamma, Delta. Mais aux États-Unis et ailleurs, 2022 a jusqu’à présent été une oligarchie de ramifications d’Omicron. Peut-être que les membres de la lignée Omicron sont déjà si doués pour se déplacer entre les hôtes que le virus n’a pas eu besoin d’une mise à jour majeure depuis.

Si tel est le cas, le SRAS-CoV-2 pourrait finir par être victime de son propre succès. Les sous-variantes d’Omicron BQ.1 et BQ1.1 semblent capables de se propager jusqu’à deux fois plus rapide comme BA.5, selon les données du laboratoire. Mais leur prise de contrôle aux États-Unis a été lente et hésitante, peut-être parce qu’ils se débattent dans un bourbier d’immunité contre la famille Omicron. Cela seul rend moins probable qu’une seule sous-variante d’Omicron recrée la poussée soudaine de la fin de 2021 de si tôt. En Afrique du Sud et au Royaume-Uni, par exemple, différentes itérations d’Omicron semblent n’avoir déclenché que de modestes augmentations de la maladie ces derniers mois. (Cela dit, ces pays – avec leurs données démographiques et leurs antécédents de vaccination et d’infection distincts – ne sont pas un indicateur parfait pour les États-Unis)

Pour qu’un redux d’Omicron 2021 se produise, le SRAS-CoV-2 pourrait devoir subir une refonte génétique substantielle, ce qui, selon Abdool Karim, serait très difficile à gérer pour le virus. En théorie, le SRAS-CoV-2 n’a qu’un nombre limité de façons de brouiller son apparence tout en conservant sa capacité à s’accrocher à nos cellules ; maintenant, ses options devraient être quelque peu réduites. Et plus la lignée de succession Omicron persiste, plus il peut être difficile de la renverser. « C’est juste de plus en plus difficile de concourir », m’a dit Hill.

Mais le monde est devenu trop confiant auparavant. Même si le SRAS-CoV-2 ne produit pas une toute nouvelle version de lui-même, une faible absorption du vaccin bivalent pourrait permettre à nos défenses de s’affaiblir, entraînant tout de même une poussée, m’a dit Truelove. Nos comportements de réduction de la transmission sont également plus lâches qu’ils ne l’ont été depuis le début de la pandémie. À cette époque l’année dernière, 50 à 60 % des Américains portaient régulièrement des masques. Les derniers chiffres, dont beaucoup datent de plusieurs mois, sont plus proches de 30 %. « Plus vous donnez au virus d’opportunités d’entrer dans quelqu’un », a déclaré Hill, « plus vous lui donnez de chances d’obtenir le groupe de mutations qui pourraient l’aider à décoller. » Les personnes immunodéprimées qui restent infectées de manière chronique par des variantes plus anciennes, telles que Alpha ou Delta, pourraient également devenir les sites de nouvelles ramifications virales. (C’est peut-être ainsi que le monde a obtenu Omicron pour commencer.)

En se basant uniquement sur la probabilité, « il semble plus probable que nous continuions avec ces sous-variantes d’Omicron plutôt que de traiter avec quelque chose de totalement nouveau », déclare Maia Majumder, épidémiologiste au Boston Children’s Hospital. Mais Lauren Ancel Meyers, modélisatrice des maladies infectieuses à l’Université du Texas à Austin, prévient qu’il reste beaucoup d’incertitudes. « Ce que nous n’avons pas actuellement, c’est un modèle vraiment basé sur les données qui nous indique si, quand, où et quel type de variantes apparaîtront dans les mois et les années à venir », m’a-t-elle dit. Notre fenêtre sur l’avenir ne fait que s’embrouiller, car moins de personnes soumettent leurs résultats de test – ou passent un test du tout – et les systèmes de surveillance continuent de se déconnecter.

Il ne faudrait pas un autre événement de type Omicron pour nous plonger dans le désarroi. Peut-être qu’aucune des sous-variantes d’Omicron qui se disputent actuellement le contrôle ne devancera le peloton. Mais plusieurs d’entre eux pourraient encore provoquer des épidémies régionales, m’a dit Majumder, selon les détails locaux de qui est sensible à quoi. Et à l’approche de l’hiver, certains des plus gros trous de notre bouclier COVID restent non corrigés. Les personnes immunodéprimées perdent leurs derniers traitements par anticorps monoclonaux, et bien qu’il existe des médicaments puissants pour réduire le risque de maladie grave et de décès, les préventifs et les traitements utiles pour les longs COVID restent rares.

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La capacité de notre pays à gérer les nouveaux cas de COVID est également faible, a déclaré Majumder. Déjà, les hôpitaux du pays sont inondés d’autres virus respiratoires – VRS, grippe, rhinovirus, entérovirus – alors que le COVID est toujours en arrière-plan. « Si la grippe a envahi les lits d’hôpitaux », déclare Srini Venkatramanan, modélisatrice des maladies infectieuses à l’Université de Virginie, même une vague discrète « aura l’impression d’avoir un impact beaucoup plus important ».

Alors que le pays approche de sa deuxième saison des fêtes avec Omicron sur le pont, cette version du virus peut « se sentir familière », a souligné Majumder. « Je pense que les gens perçoivent les circonstances actuelles comme plus sûres qu’elles ne l’étaient l’année dernière », a-t-elle déclaré – et certainement, certains d’entre eux sommes. Mais le fait qu’Omicron se soit attardé n’est pas tout à fait un réconfort. C’est aussi, à sa manière, un rappel de la gravité des choses autrefois et de la gravité de celles-ci.