UNL’Australie est maintenant à mi-chemin de sa quatrième vague de Covid à l’ère Omicron, entraînée par une riche soupe de descendants d’Omicron. Contrairement aux vagues précédentes, où une seule nouvelle variante de la variante SARS-CoV-2 telle que BA.2 ou BA.5 était responsable, nous avons eu une explosion de nouvelles variantes telles que XBB.1, BQ.1.1 et BR.2.1.
Alors que les chiffres augmentent en Nouvelle-Galles du Sud et dans d’autres parties de l’Australie, je veux vous parler du BR.2.1 nouvellement désigné et en croissance rapide.
BR.2.1 = BR.2.75.4.2.1
Il s’agit d’un BA.2.75 avec 3 mutations de pointe supplémentaires (L452R, F486I, R346T (parfois inversées)), plus ORF8:S67F.
1/6 https://t.co/04vyOgT0AA— Josette Schoenmakers (@JosetteSchoenma) 10 novembre 2022
Cependant, malgré cette diversité apparente, ces nouvelles variantes suivent toutes un script similaire, où le même ensemble de modifications a évolué indépendamment à travers plusieurs variantes. C’est ce qu’on appelle l’évolution convergente.
Ces changements rendent le virus plus efficace pour infecter les personnes immunisées contre les variantes existantes. Depuis la mi-octobre, la capacité des sous-variantes à échapper à l’immunité contre la vaccination et/ou une infection antérieure a été suffisamment puissante pour provoquer une nouvelle vague en Australie.
Le graphique ci-dessous montre la série de vagues de 2022, avec l’Omicron d’origine la première vague, suivie du BA.2 à double bosse (où l’Australie-Occidentale avait un timing différent), la vague d’hiver BA.5, et maintenant une nouvelle reprise en novembre .
Dans de bonnes nouvelles, cette vague sera probablement une version plus courte et plus petite de la vague BA.5. Voici pourquoi.
Les cas augmentent rapidement
En Australie, la vague se développe déjà rapidement, avec des indicateurs tels que les cas enregistrés et l’occupation des hôpitaux montrant des augmentations significatives dans plusieurs États au cours des deux dernières semaines.
La Nouvelle-Galles du Sud rend compte de la tendance des variantes sous-jacentes, avec un net changement depuis début octobre.
La suppression de la déclaration obligatoire et de l’isolement a entraîné une diminution du nombre de tests antigéniques rapides (RAT) signalés. Nous n’enregistrons donc peut-être qu’une plus petite fraction de toutes les infections communautaires maintenant que lors des vagues précédentes.
Dans le graphique ci-dessous, j’ai utilisé le package EpiNow2 R (un outil d’estimation et de prévision open source) pour calculer la tendance du nombre effectif de reproduction (Rt) à l’aide des données de cas NSW depuis début septembre.
Rt représente le nombre moyen de personnes qu’un seul cas de Covid infecte à un moment donné. Les épidémies diminuent lorsque Rt est inférieur à 1, tandis que la croissance épidémique devient probable une fois que Rt est supérieur à 1 et est de plus en plus abrupte à mesure que Rt augmente. C’est maintenant nettement supérieur à 1 en Nouvelle-Galles du Sud :
La vague culminera-t-elle à Noël ? Les leçons de Singapour
Je pense que le résultat le plus probable est que la vague culminera à Noël. Dans mon propre travail pour NSW Health, je projette actuellement un pic en NSW pour la première semaine de décembre.
Mais ces prédictions sont incertaines car il est encore difficile d’estimer le niveau de protection contre l’infection dans notre population, malgré une science de laboratoire impressionnante en temps quasi réel qui aide à caractériser cela.
Heureusement, malgré les défis de la modélisation, la récente vague de Singapour peut guider nos attentes. Causée par XBB.1, cette vague a été courte et forte, culminant vers le 18 octobre, puis retombant presque aux niveaux d’avant la vague le 12 novembre.
Singapour a également connu une augmentation significative des hospitalisations, principalement chez les personnes âgées de plus de 70 ans.
Cependant, les cas cumulés, les admissions et les décès représentent environ la moitié de ceux de leur vague BA.5, sans aucun signe de gravité accrue.
Malgré la capacité de XBB.1 à échapper à la vaccination et/ou à une infection antérieure, à Singapour, les personnes ayant déjà été infectées par Omicron étaient environ 75 % moins susceptibles d’être testées positives dans cette vague que les personnes sans infection antérieure enregistrée.
Singapour a également connu une expérience de pandémie de Covid assez similaire à celle de l’Australie en termes de restrictions, de vaccination et de vagues d’infection. Une exception est que le port du masque reste plus répandu à Singapour.
Il faut cependant s’attendre à quelques différences. L’Australie a environ six fois la population résidente de Singapour, avec des centres de population largement séparés. Cela pourrait signifier que la durée des vagues à travers l’Australie est d’une à deux semaines plus longue.
L’Australie a également une proportion plus élevée de la population au-dessus de 75 ans, dont une grande partie n’a pas eu de Covid cette année et n’aura donc pas d’immunité hybride (à la fois de la vaccination et de l’infection antérieure). Cela pourrait entraîner plus d’admissions à l’hôpital et de décès par habitant qu’à Singapour.
Mais en général, la vague de Singapour soutient la prédiction que cette quatrième vague australienne de 2022 culminera début décembre et retombera en dessous des niveaux actuels d’ici Noël.
Est-ce la nouvelle normalité ? À quoi peut-on s’attendre dans les années à venir ?
Au-delà de cette année, je suis encouragé par le changement de modèle des variantes uniques provoquant des vagues à la soupe de variante évolutive. Cette évolution a été très rapide récemment, mais il y a des signes qu’elle pourrait ralentir considérablement en 2023.
Premièrement, la vitesse à laquelle les mutations se produisent est proportionnelle à la quantité de virus en circulation. Le nombre énorme d’infections à Covid au cours de cette année signifie qu’en 2022, ce changement s’est produit rapidement, mais avec chaque vague devenant plus petite, ce taux de changement devrait ralentir.
L’évolution récente de la variante de la soupe peut également être un signe positif. Les différentes variantes de la soupe ont toutes acquis un avantage de transmission en suivant la même stratégie d’évasion immunitaire. L’ensemble des mutations pertinentes a en fait été prédit à l’avance par des chercheurs de l’Université de Washington.
j’ai mis à jour notre #SRAS-CoV-2 calculateur d’échappement pour améliorer la prédiction des futures mutations qui entraîneront la plus forte baisse de la neutralisation.
Ci-dessous ? je résume les mises à jour de la calculatrice et les résultats améliorés en ce qui concerne les futures mutations d’échappement potentielles dans BA.2.* et BA.4/5.
– Laboratoire Bloom (@jbloom_lab) 25 juillet 2022
Si vous êtes infecté par l’une de ces nouvelles variantes, vous devriez également bénéficier d’une protection solide contre le reste de la soupe. L’absence de grands sauts mutationnels dans les variantes dominantes suggère que le SRAS-CoV2, le virus qui cause Covid, pourrait maintenant entrer dans une période d’évolution plus lente et plus continue. C’est ce que l’on constate pour la grippe saisonnière.
Covid a été plein de surprises, mais les preuves suggèrent que nous pourrions voir les infections par le SRAS-CoV-2 tomber en dessous de nos récents niveaux creux en 2023 et le début d’un schéma plus saisonnier des vagues de Covid.
James Wood est professeur agrégé, modélisation épidémiologique des maladies infectieuses, à UNSW Sydney. Cet article a été initialement publié sur Conversation