Au printemps dernier, Amanda Goldberg s’est accroupie dans les sous-bois feuillus d’une forêt du sud-ouest de la Virginie et a tenté de tamponner une souris pour COVID. Pas de chance; son nez était trop petit pour ses outils. « Vous ne pensez jamais aux narines jusqu’à ce que vous commenciez à tamponner un animal », m’a dit Goldberg, biologiste de la conservation à la Virginia Tech University. Les créatures au nez plus gros qu’elle et son équipe avaient piégées, comme les ratons laveurs et les renards, n’avaient aucun problème avec les prélèvements nasaux, mais pour les souris, les échantillons de gorge devaient suffire. Les écouvillons s’intègrent raisonnablement bien dans leur bouche, a-t-elle dit, bien qu’ils aient enduré pas mal de grignotage.
Les efforts de prélèvement de la gorge de Goldberg faisaient partie d’une étude qu’elle et ses collègues ont conçue pour répondre à une question inexplorée : Quelle est la fréquence du COVID dans la faune ? Sur les 333 animaux de la forêt que son équipe a prélevés autour de Blacksburg, en Virginie, couvrant 18 espèces, une – un opossum – a été testée positive. C’était à prévoir, a déclaré Goldberg; attraper un animal sauvage qui avait une infection active juste au moment où il était écouvillonné, c’était comme trouver Waldo. Mais les chercheurs ont également prélevé des échantillons de sang, et ceux-ci étaient plus révélateurs pour savoir si les animaux avaient déjà connu des épisodes de COVID. L’analyse par le Molecular Diagnostics Lab et le Fralin Biomedical Research Institute de Virginia Tech a révélé des anticorps chez 24 animaux couvrant six espèces, dont l’opossum, l’écureuil gris de l’Est et deux types de souris. « Nos esprits ont été époustouflés », a déclaré Goldberg. « C’était essentiellement toutes les espèces que nous avons envoyées » au laboratoire.
Que les animaux puissent attraper le COVID est l’une des premières choses que nous ayons apprises sur le virus. Malgré le débat sans fin sur ses origines, le SRAS-CoV-2 est très probablement passé d’un animal à un hôte intermédiaire jusqu’à l’homme à Wuhan. Depuis lors, il s’est depuis propagé à une gamme d’animaux. Les gens l’ont transmis aux animaux domestiques, tels que les chiens et les chats, et à la valeur d’un film Disney de bêtes, y compris les lions, les hippopotames, les hyènes, les tigres, les visons et les hamsters. Trois ans après le début de la pandémie, les animaux tombent toujours malades du COVID, tout comme nous. Le COVID circule probablement plus largement chez les animaux que nous ne le savons, m’a dit Edward Holmes, biologiste à l’Université de Sydney. « Au cours de mes plus de 30 années de travail sur ce sujet, je n’ai jamais vu un virus capable d’infecter autant d’espèces animales », a-t-il déclaré. On prévoit que plus de 500 autres espèces de mammifères seront très sensibles à l’infection.
Étant donné que la plupart des gens de nos jours ne s’inquiètent pas trop de la propagation interhumaine, il est logique que animalLa propagation interhumaine a été largement oubliée. Mais même lorsqu’il y a tant d’autres problèmes de pandémie, le COVID animal ne peut être ignoré. Les conséquences d’une transmission animale soutenue sont exactement les mêmes que chez les humains : plus le COVID se propage, plus le virus a de possibilités d’évoluer vers de nouvelles variantes. Ce qui est le plus alarmant, c’est la possibilité qu’une de ces variantes puisse se répercuter sur les humains. Comme nous le savons depuis le début de la pandémie, le SRAS-CoV-2 n’est pas un virus humain, mais un virus qui peut infecter plusieurs animaux, y compris humains. Tant que les animaux contractent encore le COVID, nous ne sommes pas sortis de la niche non plus.
Peut-être qu’une partie de la raison pour laquelle le COVID chez les animaux a été négligé – mis à part le fait qu’ils ne sont pas des humains – est que la plupart des espèces ne semblent pas tomber très malades. Les animaux qui ont été infectés présentent généralement des symptômes bénins, généralement de la toux et de la lenteur, comme chez les pumas et les lions. Mais nos recherches ne sont allées qu’en profondeur. « Nous ne pouvons certainement pas leur demander, ‘Vous sentez-vous des maux de tête, ou léthargique?' », a déclaré Goldberg, qui s’inquiète des symptômes à long terme ou invisibles qui ne sont pas diagnostiqués chez les espèces. Et donc le COVID animal s’est attardé sans contrôle, augmentant les chances que cela puisse signifier quelque chose de mauvais pour nous.
La bonne nouvelle est que le risque global de contracter le COVID chez les animaux est considéré comme faible, selon le CDC. Cela s’explique en partie par la théorie de l’évolution, qui prédit que la plupart des variantes qui émergent dans une population animale se seront adaptées pour mieux infecter l’animal hôte, pas nous. Mais certains d’entre eux, strictement par hasard, « pourraient être hautement transmissibles ou virulents chez l’homme », a déclaré Holmes. « C’est un processus imprévisible. » Sa préoccupation n’est pas que les animaux commencent à infecter les gens en masse – vos voisins sont beaucoup plus susceptibles de le faire que les ratons laveurs – mais que chez les animaux, le SRAS-CoV-2 pourrait former de nouvelles variantes qui peuvent se propager aux humains. Certains scientifiques pensent qu’Omicron a émergé de cette façon chez la souris, bien que les preuves restent rares.
Un signe troublant est qu’il existe déjà des preuves que le COVID est passé des humains aux animaux, où il a muté, puis est revenu chez les humains. Prenez le cerf de Virginie, désormais un hôte COVID bien connu. Chaque automne, les chasseurs se rendent dans les prairies dorées et les forêts rougissantes du sud-ouest de l’Ontario pour abattre le cerf, ce qui donne aux chercheurs l’occasion de tester certains des animaux chassés pour le COVID. L’espèce a été infectée par les mêmes variantes qui circulent largement chez l’homme – une poignée de cerfs de Staten Island capturés à Omicron l’hiver dernier, par exemple – ce qui suggère que les gens les infectent. La façon dont les cerfs sont infectés n’est toujours pas claire : un temps de contact prolongé avec les humains, fouiner dans les ordures ou aspirer nos eaux usées sont toutes des possibilités.
Les chercheurs au Canada ont découvert non seulement que certains des animaux étaient positifs, mais aussi que la variante qu’ils portaient n’avait jamais été vue auparavant chez l’homme, ce qui indique que le virus se propageait et muté au sein de la population depuis longtemps, Brad Pickering, m’a dit un chercheur scientifique du gouvernement canadien qui a étudié le cerf. En fait, la nouvelle variante est parmi les plus divergentes sur le plan de l’évolution identifiées jusqu’à présent. Mais malgré ses différences, il semble avoir infecté au moins une personne qui avait interagi avec des cerfs la semaine avant de tomber malade. « Nous ne pouvons pas établir de lien direct entre eux », a déclaré Pickering, mais le fait qu’une variante de cerf aussi divergente ait été détectée chez un humain est très évocateur de la façon dont cette personne est tombée malade.
Cette recherche s’ajoute au petit mais croissant corpus de preuves que le COVID que nous transmettons aux animaux pourrait revenir nous mordre. Heureusement, ce débordement particulier ne semble pas avoir eu de conséquences graves pour les humains ; les variantes de cerfs escrocs ne semblent pas circuler dans le sud du Canada. Mais ce n’est pas le seul cas documenté de propagation de l’animal à l’homme : des personnes ont été infectées par des visons aux Pays-Bas, des hamsters à Hong Kong et un chat en Thaïlande. D’autres retombées se sont probablement produites et sont passées inaperçues. Jusqu’à présent, aucune donnée ne montre que les variantes animales qui se sont propagées à l’homme sont plus dangereuses pour nous. Même si une variante animale potentielle n’est pas le prochain Omicron, il pourrait encore être meilleur pour esquiver nos traitements et vaccins existants, a déclaré Pickering.
Mais il y a aussi, franchement, un manque de données. Les efforts locaux de surveillance de la faune menés par des chercheurs comme Goldberg et Pickering sont en cours, mais ils n’existent pas dans la plupart des pays, a déclaré Holmes. Une base de données internationale des infections animales connues, maintenue par Complexity Science Hub Vienna, est un début prometteur. Une carte interactive montre les emplacements des animaux précédemment infectés, y compris les grands tatous velus (Argentine), les lamantins (Brésil) et les chats (partout). À tout le moins, avec le COVID animal, « nous devons savoir dans quelle espèce il se trouve, dans quelle abondance et génétiquement, à quoi ressemblent ces variantes », a déclaré Holmes. « Il est absolument essentiel de savoir où [the virus] en train d’aller. » Sans cela, il n’y a aucun moyen de savoir à quelle fréquence les déversements se produisent et s’ils mettent les humains en danger. Et nous ne pouvons pas dire si les nouvelles variantes du COVID mettent également les animaux en danger, a déclaré Goldberg ; une variante dévastatrice de type Omicron pourrait également émerger dans leurs populations.
Les mesures que nous devons prendre pour atténuer le problème animal-COVID – et empêcher d’autres maladies zoonotiques de se propager aux humains – sont claires, même si elles ne semblent pas se produire. L’élimination des marchés humides où les animaux sauvages sont vendus est une mesure préventive évidente, mais elle a été difficile à mettre en œuvre car les moyens de subsistance et l’alimentation de nombreuses personnes, en particulier dans les pays du Sud, en dépendent. Alors que le changement climatique et l’aménagement du territoire déciment encore plus d’habitats, la faune sera contrainte de se rapprocher de nous de plus en plus, favorisant un échange encore plus efficace de virus entre les espèces. Contrairement au port de masque et à d’autres options simples pour freiner la propagation humaine du COVID, empêcher sa transmission vers, depuis et entre les animaux nécessitera des bouleversements majeurs dans le fonctionnement de nos sociétés, probablement bien plus importants que ce que nous sommes prêts à nous engager.
Les humains ont tendance à agir comme si le COVID finissait par nous affliger après avoir traversé une longue chaîne d’espèces. Mais penser ainsi, c’est comme vivre au Moyen Âge, a déclaré Holmes, lorsque la Terre était considérée comme le centre de l’univers. Comme nous l’avons appris alors, nous ne sommes pas si importants : les humains ne sont qu’un nœud dans un immense réseau d’espèces que les virus traversent dans de nombreuses directions. Tout comme les virus animaux nous infectent, les virus humains peuvent se propager aux animaux (la rougeole, par exemple, tue une variété de grands singes). Il y a certainement des problèmes plus importants que le COVID animal – personne n’a besoin de se baisser de peur d’éternuer des cerfs – mais tant que les animaux continuent d’être infectés, nous ne pouvons pas ignorer ce que cela signifie pour nous. Faire attention au COVID animal commence souvent par un seul écouvillon et un museau pour le coller.